Rodil se je leta 1876 na Bavarskem. Njegovi starši so bili trgovci in goreči kristjani. Rastel je v domačem okolju. Po končani srednji šoli je vstopil v jezuitski red in bil leta 1899 posvečen za duhovnika. Patru so potem zaupali različne pastoralne naloge. Najpomembnejšo pa je dobil leta 1912, ko so ga predstojniki poslali v München, da bi prevzel duhovno skrb za številne priseljence, ki so prišli v to veliko mesto, razvijajoče se v industrijsko središče.

Ko je leta 1914 izbruhnila prva svetovna vojna, se je prijavil za vojnega kurata in odšel na fronto. V Romuniji je bil tako hudo ranjen, da so mu morali odrezati levo nogo.

Po vojni se je vrnil v München in tam našel povsem drugačne razmere. V dvajsetih letih je mesto postalo živahno in pomembno središče različnih političnih previranj. Pater Rupert se je spustil v dialog in tudi polemiko z različni strankarskimi veljaki. V jezuitski cerkvi sv. Mihaela je organiziral številne in močno obiskovane konference. Še posebej se je trudil, da bi prav usmerjal katoličane v mestu in predvsem člane Marijine kongregacije; poudarjal je skrb za zatirane in reveže.

Ni se čuditi, da je to delo nadaljeval tudi po prihodu Hitlerja na oblast. Kazal je na zmote nacizma in ostro obsodil odlok, s katerim so bile zatrte vse katoliške organizacije. Oporo je našel v papeški okrožnici »Mit brennender Sorge«, ki jo je leta 1937 izdal papež Pij XI. Nacistični režim je odgovoril zelo hitro. Patru so najprej prepovedali javno nastopanje, potem so ga zaprli in poslali najprej v taborišče Sachsenhausen in nato v Oranienburg. Od leta 1940 do konca vojne je bil interniran v benediktinski opatiji Ettal. V zaporu in pregnanstvu ni videl »nekaj nečastnega, temveč krono svojega življenja«. Vedel je, da ga preganjajo zaradi vere, in je bil vesel, da je mogel biti pričevalec.

Takoj po vojni se je vrnil v München. Nadaljeval je pastoralno delo in zbiral kongreganiste. Zapori in internacija pa so načeli njegovo zdravje. Na praznik vseh svetnikov leta 1945 se je med pridigo o posnemanju svetnikov in splošni poklicanosti kristjanov k svetosti zgrudil in umrl. Ob prenosu njegovih zemeljskih ostankov v kripto kongregacijske cerkve se je zbralo na tisoče njegovih občudovalcev in še danes romarji obiskujejo njegov grob v zelo velikem številu. Za blaženega je Ruperta Mayerja razglasil papež Janez Pavel II. 3. maja 1987.