Za papeža je bil izvoljen 28. oktobra 1958 pri svojih 77-ih letih in naj bi bil le prehodni papež po svojem velikem predhodniku Piju XII. Vendar Božja pota niso naša pota in Božji načrti niso naši načrti. Po izvolitvi je s svojo toplino, dobrovoljnostjo in prijaznostjo osvojil naklonjenost sveta bolj, kot je kljub veliki učenosti in osebni svetosti to uspelo njegovemu predhodniku. 

Za prvovrstno presenečenje pa je poskrbel za božič leta 1959, komaj leto dni po izvolitvi, ko je napovedal sklic 2. vatikanskega vesoljnega cerkvenega zbora. In to ne čez 10 let, kot so mu svetovali, ampak čez nekaj mesecev. Pri tem se je sklicaval na to, da mora Cerkev razumeti znamenja časov ter začeti s prenovo in posodobitvijo – podanašnjenjem (aggiornamentom).

Ko so mi 28. oktobra 1958 kardinali svete rimske Cerkve priznali najvišjo odgovornost vodstva vesoljne črede Jezusa Kristusa, ob 77 letih mojega življenja, se je razširilo prepričanje, da bom začasno prehodni papež. Nasprotno pa sem sedaj že skoro štiri leta na tem mestu in imam v mislih izvesti načrt, ki gleda nanj ves svet. (Sv. papež Janez XXIII. v Dnevniku duše 10. avgusta 1961)

Dejansko se je ekumenski koncil začel 11. oktobra 1962 in je korenito preobrazil podobo katoliške Cerkve. Dobrega pol leta po začetku koncila, 3. junija 1963, je Bog poklical »dobrega papeža Janeza« k sebi, začeto delo koncila pa je v njegovem duhu nadaljeval in na praznik Brezmadežne, 8. decembra 1965, zaključil njegov naslednik, zdaj tudi že sveti papež Pavel VI.

Njegovo geslo »Oboedienti et pax – Pokorščina in mir« povzema dve pomembni lastnosti, za kateri si je sv. papež Janez XXIII. močno prizadeval.

Duhovno podobo papeža Janeza XXIII. zelo dobro razberemo iz njegovih dnevniških zapiskov, ki jih je začel pisati kot Dnevnik duše še kot mladostnik. Tam je tudi zapis, ki ga je zabeležil v času duhovne obnove v Vatikanu med 29. novembrom in 5. decembrom 1959, torej tri tedne pred napovedjo koncila. Med drugim je zapisal:

»Odkar me je Gospod, mene bednega, postavil na to visoko mesto, ne čutim več pripadnosti k nobeni stvar na svetu … Zdaj čutim bolj kakor kdaj prej, da sem nevreden in ubog služabnik Božji in služabnik služabnikov Božjih. Moja družina je ves svet in ta čut pripadnosti vsemu svetu mora poživiti mojega duha, moje srce in moja dejanja … Eno leto izkušenj me razsvetljuje in vzpodbuja k temu, da slednjič v miru vse popravim in privedem na pravo pot.«

Obisk v Ljubljani

Na poti v Bolgarijo, kamor je bil poslan kot apostolski nuncij, se je od 9. do 13. novembra 1927 škof Angelo Giuseppe Roncalli, kot je bilo krstno ime papeža Janeza XXIII., mudil v Ljubljani, kjer je obiskal ljubljanskega škofa Antona Bonaventuro Jegliča in si skupaj z njim ogledal Zavod svetega Stanislava, novo Plečnikovo cerkev sv. Antona Padovanskega v Šiški in katoliško tiskarno. 

Kakor je zapisal škof Jeglič, je bil nad vsem navdušen in jim je čestital. Udeležil se je tudi akademije v čast svetemu Jozafatu Kunčeviču, velikemu borcu za edinost med kristjani, ki so jo 12. novembra pripravili ljubljanski bogoslovci. Opravil pa je še letne duhovne vaje pri jezuitih, kjer si je naredil nekaj zapiskov v svoj Dnevnik duše. Tam beremo tudi naslednje misli:

»V svoje delo moram vnesti še več miru, še več miru in veselja in tišine. Če ne morem opraviti vsega tako dobro, kot mislim, da bi bilo potrebno za korist ob poslanstvu, ki mi je zaupano, se ne smem vznemirjati in zmesti. Zadosti je, da storim dolžnost, kot mi jo narekuje ljubezen. Gospod zmore vsako stvar obrniti v zmagoslavje svojega kraljestva, tudi če mi ni mogoče, da bi storil kaj več, tudi če sem prisiljen, da na zunaj ne delam dosti. Ta mir in to tišino moram vzgajati tudi pri drugih, z besedo in z vzgledom.«

Z mojih ust ne sme priti beseda, ki ni ali pohvala ali odobravanje ali pa vzpodbuda k ljubezni, k apostolatu, h krepostnemu življenju. (Sv. papež Janez XXIII.)

Papež Janez Pavel II. je papeža Janeza XXIII. razglasil za blaženega 3. septembra 2000, papež Frančišek pa za svetnika (skupaj z Janezom Pavlom II.) 27. aprila 2014. Sv. papež Janez XXIII. je zavetnik vseh ekumenskih delavcev, ki si prizadevajo za edinost med kristjani. Kot prenovitelja Cerkve ga častijo tudi protestanti in anglikanci.

Biti preprost, naraven in bogaboječ je vedno največ vredno in najmočnejše. Seveda pa v zvezi z globoko in dobrohotno pametjo. Preprost človek se ne sramuje priznati vero tudi pred ljudmi, ki je ne spoštujejo in jo imajo le za slabost in otroškost. Vero moramo priznavati z vsem svojim življenjem, ob vsaki priliki in v prisotnosti kogarkoli. (Sv. papež Janez XXIII. v Dnevniku duše 13. avgusta 1961)