Pridobil si je odlično izobrazbo, kar je pripomoglo k temu, da ga je njegov stric papež Pij IV. hotel imeti za svetovalca in ga komaj dvaindvajsetletnega imenoval za kardinala ter upravitelja milanske nadškofije. 

Kot moder papežev svetovalec ima pomembne zasluge, da je Pij IV. ponovno sklical in leta 1563 dokončal prekinjeni cerkveni zbor v Tridentu. Dve leti pozneje je papež Pij IV. umrl in mladi kardinal se je povsem posvetil svoji milanski nadškofiji. 

Tako lahko rečemo, da je z versko obnovo v duhu tridentinskega koncila začel od zgoraj navzdol: z nastopom na papeškem dvoru, v škofiji, ki ji je bil postavljen za pastirja, od tod je našel pot med preproste vernike in se končno izčrpal v delu za njihovo večno srečo.

V Milanu so ga slovesno sprejeli septembra 1565, on pa se je nemudoma lotil dela. Najprej je napravil red v nadškofijskih uradih, potem je obiskal čisto vse župnije v svoji prostrani nadškofiji. 

Vtise s teh obiskov je zapisoval in iz teh zapiskov so nastali njegovi sloveči Opomini ljudstvu. Dobro je čutil: če hočem škofijo prenoviti po smernicah tridentinskega koncila, potrebujem dobre sodelavce. Zato je začel ustanavljati semenišča, zavode za vzgojo bodočih duhovnikov. Za vernike je ustanavljal šole, v katerih so poučevali verouk.

Če želimo zares napredovati v služenju Gospodu, moramo vsak dan svojega življenja začeti z novo vnemo. (sv. Karel Boromejski)

Sv. Karel Boromejski se je še posebej izkazal v odpovedi samemu sebi in v ljubezni do bližnjega za časa velike kuge, ki je dve leti pustošila po njegovi škofiji. Zgodovinarji poročajo, da je bil milanski nadškof tedaj pravi oče kužnih bolnikov. 

Kuga je izbruhnila avgusta 1576, v Milanu sta vladala zmeda in strah. Nadškof se je takoj povsem posvetil skrbi za bolnike ter spodbujal javne in zasebne molitve, grajal pa civilne oblasti, ker so svoje zaupanje stavile zgolj na naravna sredstva. 

Benediktinec Prosper Guéranger je takole povzel njegovo takratno pričevanje krščanske ljubezni: »Ob nezadostnosti krajevnih oblasti je organiziral zdravstveno službo, ustanavljal in prenavljal bolnišnice, iskal denar in živež, odrejal preventivne ukrepe. Predvsem je poskrbel za zagotovitev duhovne pomoči, navzočnost pri bolnih, pokopavanje mrtvih, podeljevanje zakramentov tistim, ki so bili zaprti v hišah zaradi previdnostnih ukrepov. Ne da bi se bal okužbe, je osebno plačeval, obiskoval bolnišnice, vodil spokorne procesije in vse delal kakor oče in pravi pastir.«

Kuga je bila po prepričanju sv. Karla kazen za grešno življenje, vendar tudi priložnost za očiščevanje in spreobrnjenje. Takole je sam zapisal v svojih spominih: »Mesto Milano, tvoja veličina se je dvigovala vse do nebes, tvoje bogastvo se je širilo vse do meja vesoljnega sveta ... Glej, nenadoma je iz neba prišla kuga, ki je Božja roka, in nenadoma je bila ponižana tvoja ošabnost.« Potem pa poudari, da rešitev dolgujemo velikemu Božjemu usmiljenju: »On je ranil in ozdravil; On je bičal in negoval; On je položil roko na šibo kazni in ponudil podporno palico.«

Sv. Karel Boromejski je vzor črede in pastirjev v sodobnih časih, zagovornik in neutruden svetovalec resnične katoliške reforme proti novotarijam, katerih namen ni bila ponovna vrnitev k veri, ampak deformacija in uničenje vere in tradicije. (sv. Pij X. v okrožnici leta 1910) 

Sv. Karel Boromejski je umrl v starosti komaj 46 let. Med svetnike je bil prištet že leta 1610. Njegov god obhajamo 4. novembra. Za svojega zavetnika so si ga izbrali dušni pastirji, vzgojni zavodi in semenišča, priporočamo se mu tudi proti prebavnim boleznim in proti kugi. Tudi v času sedanje epidemije koronavirusa se mu radi priporočajmo.

Sv. Karlu Boromejskemu so po svetu posvečene številne cerkve, med temi veličastna dunajska Karlskirche, sezidana v 18. stoletju iz zaobljube cesarja Karla VI., ki se je k sv. Karlu zatekel po pomoč med kugo na Dunaju leta 1713. V Sloveniji nima svoje cerkve, je pa sozavetnik Bogoslovnega semenišča v Ljubljani, ki nosi po njem ime Collegium Carolinum.

Po podatkih Slovenskega statističnega urada z dne 1. januarja 2021 nosi ime Karel 1168, različico Karl 891 Slovencev, ime Karolina pa 1954 Slovenk.