V starejših pisnih dokumentih jo najdemo z imenom Gora milosti (Mons Gratiarum, 1437) ali Nova štifta (Neustift), zatem Maria Neustift. Ime priča, da je cerkev zaobljubna oziroma »štifta«. Prva omemba je iz leta 1224, kot trg pa 1447. Čeprav so Turki izropali trg in cerkev dvakrat (1457 in 1493), se je med ljudmi ohranila legenda o Marijinem čudežu, da je ob neki turški nevarnosti cerkev ovila s črnim oblakom in je napadalci niso videli. Zato se je za dolgo dobo med domačini uveljavilo ime Črna gora.

Cerkev je doživela težka obdobja. Najprej so jo prizadela turška ropanja, kuga in protestantizem, ko je začasno ugasnila dušebrižna služba, saj na Gori ni bilo več duhovnika. Ponovno obujeno delo so opravljali jezuiti od leta 1615 vse do 1773, ko je bil red ukinjen. Nato je prišla v upravo škofijskih duhovnikov. Leta 1937 je mariborski škof dr. Ivan Tomažič cerkev dodelil Frančiškovim bratom minoritom, ki jo vodijo še danes.

Oblast po letu 1945 delu cerkve na Ptujski...