Dr. Dejan Pacek je pri Inštitutu za novejšo zgodovino v knjižni zbirki Razpoznavanja izdal knjigo z naslovom Od konflikta h kompromisu in podnaslovom Oris odnosa med državo in Katoliško cerkvijo v Sloveniji 1966–1991 (560 strani za objavo prirejene doktorske disertacije). Snov je razdelil v tri večja poglavja. V prvem je prikazal odnos med državo (komunisti) in Cerkvijo v Jugoslaviji v letih 1945–1966, pri tem je osvetlil predvsem odnos med komunistično oblastjo in Cerkvijo ter slovensko versko komisijo.

V drugem, najobsežnejšem poglavju, je raziskal odnos med državo in Cerkvijo v Sloveniji v letih 1966–1991. Pri tem je obdelal sedem tem: Beograjski protokol ter obnovitev diplomatskih odnosov med Jugoslavijo in Svetim sedežem, zakonske in administrativne ukrepe oblasti proti Cerkvi v Jugoslaviji oziroma Sloveniji, dejavnost Cerkve v luči poročil občinskih verskih komisij, Slovensko duhovniško društvo v službi diferenciacije, Teološko fakulteto v...