Kot je zapisano v njegovem portretu v Novem Slovenskem biografskem leksikonu, je Borštner v JLA skoraj dve desetletji opravljal naloge šifranta. Leta 1987 je protestno izstopil iz ZKJ zaradi omalovažujočega odnosa predsednika Zveze socialistične mladine Jugoslavije Hashima Rexhepija do Franceta Prešerna in Zdravljice.

Zaupni vojaški dokument Mladini in Novi reviji

Istega leta je navezal stike z uredništvom Mladine in v začetku leta 1988 uredništvu predal strogo zaupni vojaški dokument 5044/3, ki je kazal na ambicije JLA po nadzoru civilne sfere. Zaupne vojaške dokumente je izročil tudi uredništvu Nove revije.

Obsojen na štiri leta zapora

Zadnji dan maja 1988 so ga aretirali v stanovanju v Škofji Loki in ga julija po sojenju na vojaškem sodišču v Ljubljani zaradi suma izdaje vojaške skrivnosti obsodili na štiri leta zapora. Med procesom se je branil, češ da je zaupni vojaški dokument predstavljal grožnjo za slovenski narod.

Razveljavljena sodba zoper četverico

Zaporno kazen je sprva, od junija 1989, prestajal v odprtem oddelku zapora Dob in pozneje zapora Ig. Med prvimi parlamentarnimi volitvami aprila 1990 se, brez posledic, ni več vrnil na prestajanje zaporne kazni. Leta 1995 je slovensko vrhovno sodišče sodbo zoper četverico razveljavilo.

Za poslanca ni bil izvoljen

Septembra 1990 se je Ivan Borštner zaposlil v varnostnem organu Ministrstva za obrambo. Pred osamosvojitveno vojno je kot obveščevalec zbiral informacije o razmerah v JLA in njenih načrtih. Upokojil se je marca 1996 in istega leta neuspešno kandidiral na parlamentarnih volitvah kot kandidat SDS.

Številna odlikovanja

Za delovanje v slovenskih obrambnih strukturah si je prislužil več odlikovanj, denimo spominski znak za zasluge pri organiziranju Teritorialne obrambe (1991), red Slovenske vojske (1993), spominski znak VOMO 1991 (1994) in spominska znaka ob 5. in 10. obletnici vojne za Slovenijo (1996 in 2002).

7 let pozneje

Borštner se je preizkusil tudi v publicistiki in leta 1995 v knjigi 7 let pozneje s soavtorjema Janezom Janšo in Davidom Tasičem objavil daljši zapis o procesu pred vojaškim sodiščem. Svoje videnje procesa proti četverici je podal še v knjigah 8 let pozneje (1996) in 25 let pozneje (2013).

»Jaz, bratje, pa vem za domovino …«

Po mnenju pesnika Toneta Kuntnerja je znameniti citat Ivana Cankarja, ki ga je leta 1988 na Roški cesti ponovil ravno Ivan Borštner »Jaz, bratje, pa vem za domovino in mi vsi jo slutimo …«, ključni stavek slovenske pomladi.

Odbor za varstvo človekovih pravic

Sodni proces na vojaškem sodišču brez možnosti obrambe za obtožene je spodbudil nastanek Odbora za varstvo človekovih pravic pod vodstvom Igorja Bavčarja in množična zborovanja pod geslom »Odločno, vendar mirno in dostojanstveno za obrambo svobode in človekovih pravic«.