Fatima je bila vedno tesno povezana z molitvijo. Že leta 1916 je angel miru fatimske pastirčke naučil dve molitvi tako, da jih je sam molil. Pri drugem prikazanju jim je naročil: »Molite! Mnogo molite! Srci Jezusa in Marije imata z vami načrte usmiljenja. Neprenehoma darujte Najvišjemu molitve in žrtve!«
Z Marijinim prikazovanjem leta 1917 se je šola molitve nadaljevala. Marija je pri prvem prikazanju, 13. maja, na Lucijino vprašanje, ali bo tudi Frančišek prišel v nebesa, odgovorila: »Tudi on bo prišel, vendar mora zmoliti še veliko rožnih vencev.«

Devica Marija je zelo naglašala molitev rožnega venca, saj je ob vsakem prikazanju naročila, podobno kakor že 13. maja: »Molite vsak dan rožni venec, da boste izprosili svetu mir in konec vojne.«

Kako je Mariji pri srcu molitev rožnega venca in kako hoče s to molitvijo pomagati človeštvu, kaže njeno naročilo: »Ko molite rožni venec, recite po vsaki skrivnosti: ‘O Jezus, odpusti nam naše grehe, obvaruj nas peklenskeg...