Papež Benedikt XVI. je že 17. septembra, torej le pet dni po svojem govoru na univerzi v Regensburgu, v nagovoru pred nedeljsko molitvijo angelovega češčenja z verniki v njegovi poletni rezidenci Castel Gandolfo izrazil globoko obžalovanje, če so muslimani nekatere dele njegovega govora občutili kot žaljive in si jih razlagali tako, kot sploh ni bil njegov namen. V želji, da bi muslimani in tudi drugi pravilno razumeli njegove besede, povedane 12. septembra na regensburški univerzi, o islamu in preroku Mohamedu, ki so tako zabolele in razhudile muslimane, so v Vatikanu na spletni strani Svetega sedeža (www.vatican.va) objavili papežev govor z opombami.

Papež v tretji opombi, ki zadeva besede bizantinskega cesarja Manuela II. Paleologa verjetno pozimi leta 1391 v pogovoru z učenim Perzijcem: »Pokaži mi vendar, kaj je novega prinesel Mohamed, in našel boš le slabo in nečloveško, kakor je njegovo navodilo, naj vero, k...