Knjižnica, ki jo hranijo kapucini v Škofji Loki, hrani inkunabule ter najstarejše slovenske knjige in velja za eno najdragocenejših knjižnic na Slovenskem.

Vsi kapucinski samostani so imeli knjižnice, ki so jih začeli urejati od začetka posameznega samostana. Provincialna navodila so naročala, naj po samostanih »vestno skrbijo, da bodo knjižnice v obokanih prostorih, kjer bodo knjige in arhivi varni pred ognjem«. Knjige so zbirali za študijske namene, posebej pa so jim bile potrebne za temeljito pripravo pridig. Veliko knjig so jim poklonili razni donatorji, bogati meščani, plemiči, predvsem pa župniki bližnje in daljne okolice, kjer so kapucini delovali kot pridigarji. Donatorski zapisi v knjigah, »ekslibrisi«, nazorno kažejo na tesno povezanost kapucinov z ljudmi različnih slojev. Reforme Jožefa II., ki so zatrle nekatere samostane, pa vojne vihre in druge nesreče so knjižnicam naredile veliko škode. Nekatere so se kljub temu ohranile, tako v Krškem, v Vipavske...