Obiskoval je osnovno šolo in gimnazijo v Kostanjevici, Celju in Novem mestu. Za pot v misijone se je odločil, ko je prebiral Baragova misijonska pisma in leta 1837 v Novem mestu poslušal njegovo pridigo. Po dveh letih študija na ljubljanskem liceju se je leta 1839 vpisal na ljubljansko bogoslovje, leta 1841 pa je odpotoval v Rim na misijonski zavod Propagando.

Leta 1843 je prosil škofa Wolfa za odpustnico iz ljubljanske škofije in jo tudi prejel. Med letoma 1843 in 1845 je bil gojenec Propagande, hodil pa je tudi k predavanjem iz naravoslovja, zvezdoslovja in medicine, z namenom, da bi pridobljeno znanje lahko uporabil pri misijonskem delu. Dne 9. marca 1845 je prejel duhovniško posvečenje in bil po nekaterih preizkušnjah glede misijonskega delovanja določen za sodelavca novega srednjeafriškega apostolskega vikariata. Knoblehar je zapustil Rim 3. julija 1846. Cilji njegovega misijonskega delovanja v Sudanu so bili: spreobrnjenje domačinov, pastoralna skrb zanje in prizadev...